Do refluksu dochodzi, gdy dolny zwieracz przełyku kurczy się nieprawidłowo albo jest niewydolny. Wtedy to kwaśne składniku soku żołądkowego wracają do przełyku. Ta choroba może pojawić się także podczas występowania innych chorób, takich jak: twardzina, cukrzyca, w przypadku chorób związanych z przewlekłym nadużywaniem alkoholu, a także w przypadku zaburzeń hormonalnych. Refluks może rozwinąć się również u osób, które mają przepuklinę rozworu przełykowego.
Duże znaczenie mają również przyjmowane leki, a szczególnie doustne środki antykoncepcyjne oraz leki, które stosuje się w chorobie niedokrwiennej serca, nadciśnieniu tętniczym czy chorobach płuc.
Najczęściej przyczyną refluksu jest zwiotczenie mięśnia zwieracza przełyku u wejścia do żołądka. Jest to mięsień, który przez większą część czasu powinien być obkurczony. Do jego rozluźnienia na 6 – 10 sekund dochodzi podczas przełykania, aby przepuścić pokarm, płyn oraz przełykaną ślinę. Jeżeli mięsień ten zostanie dłużej rozluźniony, u chorych jest to nawet ponad jedną minutę, dochodzi do cofania się kwaśnej treści żołądkowej do przełyku. Bardzo często zaburzenia pracy dolnego zwieracza powstają po operacjach żołądka, ale też mogą być spowodowane paleniem papierosów, piciem alkoholu oraz dużej ilości kawy. Mięsień, jakim jest zwieracz dolny przełyku może nie działać sprawnie z powodu przepukliny rozworu przełykowego przepony, co może powodować rozluźnienie zwieracza. Poza tym na rozluźnienie zwieracza i na objawy refluksu mają wpływ błędy dietetyczne, czyli spożywanie pokarmów, które zawierają duże ilości tłuszczów, które zostały ostro doprawione, a także pomidorów i ich przetworów, słodyczy, czekolady i owoców cytrusowych. Jednak nie u wszystkich, którzy zjedzą, np. pomidora mogą pojawić się objawy refluksu. Inną przyczyną jest nadwaga oraz otyłość, ponieważ w jamie brzusznej dochodzi do wzrostu ciśnienia, co jest spowodowane nadmiarem tkanki tłuszczowej, która rozpycha rozwór przepony i prowadzi do niewydolności zwieracza. Kolejną przyczyną mogą być wzdęcia, gdyż dochodzi do zwiększenia ciśnienia w jamie brzusznej, a to powoduje rozluźnienie zwieracza. Przyczyną rozluźnienia zwieracza może być również ciąża, która tak jak w przypadku otyłości i wzdęć powoduje wzrost ciśnienia w brzuchu. Również niektóre leki mogą powodować rozluźnienie zwieracza przełyku (warto wcześniej przeczytać ulotkę), a są to:
– niesteroidowe leki przeciwzapalne, czyli popularne leki przeciwbólowe;
– antykoncepcja hormonalna;
– leki rozkurczające, które są stosowane w astmie oskrzelowej;
– leki spowalniające akcję serca stosowane w leczeniu nadciśnienia i niewydolności krążenia;
– blokery kanału wapniowego, które stosuje się w leczeniu nadciśnienia;
– azotany, stosowane w chorobie niedokrwiennej mięśnia sercowego;
– leki antycholinergiczne, które stosuje się w leczeniu choroby Parkinsona;
– benzodiazepiny, stosowane w leczeniu zaburzeń snu i zaburzeń lękowych.