Powikłania, które mogą wystąpić po chorobie refluksowej to:
1) zwężenie przełyku;
2) owrzodzenie;
3) krwawienie z owrzodzenia;
4) perforacja owrzodzenia;
5) przełyk Barretta;
6) rak – rak gruczołowy przełyku, rak złącza żołądkowo – przełykowego, rak płaskonabłonkowy przełyku.